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《宇宙第二次巨变》的理论根据来自于《统一信息论》及该书的第二版《紫薇星明》。以下是该书的理论简介
宇宙是自在的、纯真的、清澈透明的，本无任何超自然性，一切一切的神奇仅在于人类认知的贫乏及人为的“神化”。
人类认知水平是不断提高增进的，因而宇宙没有绝对不可认知的自在之物，也并没有所谓的无法认知的暗物质、黑洞等，它们只是相对当下的人类认知水平而言的称谓。合理的认识方式及知识体系能够触及到宇宙所有事物的最底层，故合理的认知体系一定是全域统一的完全性大统一理论。但合理的认知体系需人类发展到一定水平时才能建立，特别是当人类认知发展到新文明方式时，宇宙将显得渐渐清澈透明，此时才具备建立完全性大统一理论体系的条件。
就认知总论而言，哲学是人类认知的1.0阶，现代科学是人类认知的1.5阶，统一信息论则是人类认知的2.0阶。本书为《统一信息论》的第二版（2.0版），为宇宙万象的认知总论，知识形态为完全性大统一理论，写作方式以理论物理为主导。此书可谓新物理学，可谓宇宙学，可谓新生命学，可谓新哲学，可谓新人文理论，可谓新宗教理论，但最重要的称谓是认知总论，是典型的完全性大统一理论。
《紫微星明》仍然采用了统一信息论的认知方式和知识体系，但内容更丰满、框架更完善。一如“统一信息论”，该书仍然以信息作为始基构建而成，具备终极理论的典型特征，主要包括信息本原论、极限粒子论、主体程序论三位一体的系统理论。此外还包括“统一信息论时空观”、“统一信息论宇宙观”和“新文明认知方式”3个核心部分。
（1）信息本源论首先论述了信息结构、认识的客观性、客观存在的形成等基本问题，解释了信息（能量子）对于宇宙万物的始基作用。
（2）极限粒子论揭示了作为物质极限单元体的极限粒子所构成的物质最基础层面，说明了物质的质量、时间、空间是基于极限粒子而形成的理论依据，论述了宇宙所有事物及其现象都是基于极限粒子形成和分解的根据。
（3）统一信息论时空观解读了统一信息论意义上的空间与时间的实质，揭示了四大作用力的时空假象，不仅彻底颠覆了近代以来以牛顿为代表的绝对时空观，而且也完成了对现代科学理论的时空观的超越。
（4）统一信息论宇宙观（宇宙稳恒膨胀理论）论述了时间与空间的本质，描绘了宇宙灿烂
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